肿瘤外科（暨原肿瘤科）是一个集临床、科研、教学于一体的肿瘤专科，是福建医科大学“肿瘤学”硕士学位授予点，也是省科技厅优先发展学科。科室成立于1959年，是省内最早成立的肿瘤专科。建科四十多年来，在童国泉、苏碧泓、王清水教授等老一辈肿瘤专家的带领下，从小到大、从无到有逐渐发展壮大，完成了大量的临床工作，挽救过众多肿瘤患者的生命，并获得多项省、厅级科技成果奖，培养出一大批研究生以及肿瘤专科医师。随着科室规模的扩大，化疗组及胸组分别于2002年及2007年独立分科成立肿瘤内科和胸外科。现科室设有门诊、外科病房、随访室，并附设有乳腺疾病诊疗中心，开放床位47张，实际床位使用率达100%~120%，每年收治病人1500多人次，手术1000多台，年门诊量10000多人次。科室技术力量雄厚，共有医师11人，其中主任医师2人，副主任医师7人，博士2人，硕士2人，所有主治医师以上人员均经国内著名肿瘤专科医院专业化培训一年以上。
肿瘤外科主要开展以外科治疗为主，化疗和免疫治疗、内分泌治疗为辅的恶性肿瘤综合治疗，主要诊治疾病有胃癌、大肠癌、肝癌、乳腺癌、头颈部肿瘤、腹膜后肿瘤、软组织肿瘤等，尤其对胃癌、大肠癌、乳腺癌的诊治具有特色。科室具有完善的常见恶性肿瘤诊治规范和系统化的后续治疗方案，在全省率先推广恶性肿瘤规范化术式及综合治疗，对恶性肿瘤的治疗强调标准化和个性化相结合的原则，一方面对每个患者施行以手术为主的综合治疗，另一方面又强调个体的特殊性及肿瘤生物学行为的特殊性，既追求手术根治性又重视减轻患者的痛苦、改善生存及生活质量，使得治疗效果显著提高。在胃癌治疗上，手术切除率为87.11%左右，五年生存率为52.82%，乳腺癌治疗的五年生存率为75%，均达到“省内领先，国内先进水平”。
肿瘤外科目前拥有哨兵淋巴结示踪仪、近红外线乳腺扫描仪、小叶增生治疗仪、微创活检针、微量化疗泵等先进医疗设备并得到医院乳腺钼靶X光机、高强度超声聚焦刀、PET-CT、放射性同位素扫描、高聚能射频治疗仪等现代化诊疗设备支持，先后开展的肿瘤诊疗新技术有巨大肝癌切除术、胃癌联合脏器切除术、保留盆腔植物神经的全直肠系膜切除、直肠癌超低位切除吻合、乳腺癌哨兵淋巴结活检术、乳腺癌改良根治术后一期乳房重建术、经腹腔镜结肠癌根治术、胃癌哨兵淋巴结活检术、家族性腺瘤息肉病的现代手术治疗、严重直肠脱垂的手术治疗、胃癌乳腺癌新辅助化疗等。
肿瘤外科近年来，已获得省科技进步三等奖2项，省卫生厅科研成果二等奖3项，在国家级及省级医学刊物上发表论文40多篇，培养硕士研究生10余名，正在开展的科研课题研究有：（1）进展期胃癌应用磁性高分子微球靶向缓释治疗的实验及临床研究；（2）放免导向手术在胃癌淋巴切除术中的应用；（3）哨兵淋巴结检测在乳癌手术中应用；（4）多药耐药基因产物与细胞凋亡对胃癌预后影响的研究；（5）乳腺癌改良根治术后一期乳房重建术研究；（6）ATP酶检测胃癌耐药细胞。
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