眼科是以两位享受国务院特殊津贴的专家、博士研究生导师祁明信教授主任医师和黄秀榕教授以及我省著名中医眼科专家林义奎副主任医师为学科带头人，以一批年富力强的博士、硕士为骨干团队，以国家中医药管理局二级科研实验室为依托，以西医、中医以及中西医结合为手段，瞄准国际前沿，不断开展新技术和新方法，提高白内障和近视眼及其他眼病的诊疗水平。
眼科除开展角膜炎、色素膜炎、结膜炎、青光眼、视网膜脱离、眼外伤、眼肿瘤、眼底病、斜视、弱视等各种眼病的诊治外，对白内障和近视眼的防治，颇具特色。已成为我省白内障和近视眼的防治中心。
眼科采用目前国内外最先进的鹰视酷眼准分子激光治疗近视;
采用RGP角膜塑形镜控制青少年近视发展。采用超声乳化摘除白内障联合人工晶体植入术，应用最先进的自由调节人工晶体以及只需小切口的推注式、折叠式人工晶体，治疗各种类型的白内障。应用以民间验方为基础研制的并获国家发明专利的复方SZ滴眼液防治老年性白内障，其疗效优于进口滴眼液卡林-U。
另外，还开展角膜缘干细胞移植术、角膜移植术、角巩膜移植术进行眼表重建和眼前节重建，治疗各种复杂的角膜病和复发性翼状胬肉；采用外直肌移植术治疗疑难眼病原发性视网膜色素变性；创建了角膜层间分离术治疗顽固性眼病角膜带状变性；引进了活动性义眼植入新技术，克服了传统假眼的活动缺陷，美容效果足已以假弄真；采用新型的泪道激光，治疗各个部位的泪道阻塞等。
眼科承担了国家中医药管理局、福建省科技厅、卫生厅、教育厅等各类科研项目二十余项，获中国中西医结合学会科技成果二等奖1项、省级科技成果二等奖1项、三等奖5项，省医药卫生科技成果二等奖2项、三等奖3项，获国家发明专利1项。是我省眼科博士研究生和硕士研究生培养的重要基地。
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