全国治疗小儿消化不良比较好的三甲医院有1、中山大学附属第六医院，2、深圳市儿童医院，3、北京中医药大学东直门医院东区，4、惠州市第三人民医院，5、天津市北辰区中医医院等，小儿消化不良属于儿科，中山大学附属第六医院儿科疾病医疗设施齐全，在儿科疾病治疗方面有着丰富的经验；深圳市儿童医院儿科口碑很好，拥有完善的诊疗设施和医疗人员储备。
第一名中山大学附属第六医院儿科
中山大学附属第六医院(又名中山大学附属胃肠肛门医院,简称中山六院)是一所以胃肠肛门为专科特色的综合医院,承担医疗、教学、科研、预防和康复等任务。各临床科室齐全,开设内、外、妇、儿、耳鼻喉、口腔、中医等12个二级学科和28个三级学科。编制床位1000张,开放床位约460张。占地面积约4.3万平方米,业务用房3.6万平方米。胃肠肛门专科技术团队能解决食管、胃、小肠、结直肠、肛门等外科领域的重大、复杂和疑难病例。胃、结直肠肿瘤、肛门直肠良性疾病的诊治处于全国领先水平。代表学科有食管胃肠外科、肝胆脾胰外科、结直肠外科、肛肠外科、消化内科、炎性肠病中心、肿瘤综合治疗科、消化内镜中心和临床营养中心等。
第二名深圳市儿童医院儿科
深圳市儿童医院位于市中心区，1998年初正式开院，是一家集医疗、保健、科研、教学为一体的现代化综合性儿童医院和儿科急救中心，现设有10个儿内科病区、8个儿外科病区及重症医学、五官科、中医、特需等病区，专业设置齐全，涵盖了大型综合儿童医院全部业务科室。儿科学被评为广东省临床医学重点专科，小儿呼吸专业为广东省重点学科，小儿风湿与免疫为广东省临床特色专科；儿童重症疾病分子诊断实验室被评为深圳市科技创新委重点实验室。医院拥有小儿血液肿瘤、免疫、呼吸、神经、新生儿、重症医学及小儿外科七个市级医学重点专科。
第三名北京中医药大学东直门医院东区儿科
北京中医药大学东直门医院东区(原北京市通州区中医医院)坐落于北京的东大门, 始建于1982 年，目前拥有专业技术人员557人，高级职称60人，中级职称152人，研究生78人，博士生8人。科室齐全，设心病科、脑病科、康复科、内分泌科、脾胃病科、肺病科、外科、妇科、肛肠科、骨伤科等二十余个科室，拥有国家级重点专科3个，为脑病科、肺病科、心病科。针灸推拿科为北京特色专科，区级重点专科3个。
第四名惠州市第三人民医院儿科
医院现设有56个专业学科学组、13个医技科室、7个医疗辅助科室和22个行政科室，实际开放床位近1600张，拥有员工2100多人。年门诊量140多万人次，年住院6万余人次。为全国人文爱心医院、广州医科大学附属惠州医院、武汉科技大学医学院附属惠州医院、广东省儿童先天性心脏病定点救治医院、广东省普通高等医学院校教学医院，惠州市爱婴医院、医保定点医院、餐饮从业人员健康证申办定点医院、工伤康复定点医院等。2017年7月22日，医院胸痛中心通过国家认证，使惠州市第三人民医院成为惠州市乃至粤东地区首家拥有国家级标准版胸痛中心的医院！
第五名天津市北辰区中医医院儿科
天津市北辰区中医医院成立于1989年，医院坐落于北辰区京津公路与集贤道交口，地处北辰区政治、经济、文化中心地带。是一所以中医特色为主，中西医结合的“三级甲等中医医院”。医院曾获得过“全国卫生系统先进集体”、“全国医院文化建设先进单位”称号，连续多年被评为“市级文明单位”、“市级卫生红旗单位”、“物价、计量信得过单位”“明明白白看病百姓放心医院”等诸多荣誉称号。现为天津市“120急救指挥中心站点医院”、“天津市交通事故急救定点医院”、“城镇职工、城镇居民医疗保险”和“商业保险”定点医院。医院建筑面积36017.98m2，由制剂楼、传统诊疗部、门诊部、急诊部、住院部、脑病住院部、行政办公楼组成。 [收起]