全国治疗甲状腺炎比较好的三甲医院有1、四川大学华西医院，2、上海交通大学医学院附属瑞金医院，3、中日友好医院，4、首都医科大学附属北京朝阳医院，5、首都儿科研究所附属儿童医院等，甲状腺炎属于儿科，四川大学华西医院儿科疾病医疗设施齐全，在儿科疾病治疗方面有着丰富的经验；上海交通大学医学院附属瑞金医院儿科口碑很好，拥有完善的诊疗设施和医疗人员储备。
第一名四川大学华西医院儿科

第二名上海交通大学医学院附属瑞金医院儿科
上海瑞金医院建于1907年,原名广慈医院,是一所三级甲等大型综合性教学医院。医院设有34个临床科室、9个医技科室;现有国家教育部重点学科3个(内分泌、血液、消化),上海市重中之重学科1个(血液),上海市重点学科1个(内分泌),上海市优势学科一个(肾脏),上海市教委重点学科6个(消化外科、血液科、内分泌科、骨科、烧伤科、心脏内科),上海市卫生局医学领先专业重点学科3个(消化外科、血液科、肾脏内科)。
第三名中日友好医院儿科
中日医院现编制床位1610张（含北区、西区），集医疗、教学、科研和预防保健等多项功能为一体，并承担中央保健医疗任务、国家卫生应急救援队任务，附设中日友好临床医学研究所，同时还是世界卫生组织戒烟与呼吸疾病预防合作中心、国家卫生计生委远程医疗管理与培训中心。
第四名首都医科大学附属北京朝阳医院儿科
首都医科大学附属北京朝阳医院建院于1958年2月24日，是北京市医院管理局直属，集医疗、教学、科研、预防为一体的三级甲等医院，是首都医科大学第三临床医学院，也是北京市医疗保险A类定点医疗机构。医院拥有先进的大型医用设备，包括1.5T和3.0T核磁共振成像系统、PET-CT、256排断层螺旋CT、全自动生化流水线、全数字直线加速器、数字减影血管造影X线机、数字化彩色超声波诊断仪、平板数字胃肠造影机等国际一流的医疗设备。拥有国际一流检验检测设备50余台，可开展临床检验项目近400项，并具有亲子鉴定等社会委托检测的资质。
第五名首都儿科研究所附属儿童医院儿科
首都儿科研究所是一所以医学基础研究、儿科疾病发病机理研究、儿童保健为重点，承担有医疗、教学和预防任务的应用医学研究机构。其前身是中国医学科学院儿科研究所 ,成立于1958年，是新中国第一家儿科医学研究所。于1983年隶属北京市，1984年开设门诊，1986年建立附属儿童医院。1993年，在京郊顺义区组建“北京市医用生物制品中试基地”。研究所先后10次获得北京市属科研院所“改革与发展”一等奖，18次获得首都及卫生系统“文明单位”的称号。50多年来，经过几代人的不懈奋斗，研究所已发展成为集儿科基础医学、临床医学、高等医学教育、预防保健医学为一体的全国知名的医学研究机构。 [收起]