全国治疗先天性短结肠比较好的三甲医院有1、上海交通大学医学院附属仁济医院，2、首都医科大学附属北京朝阳医院西院，3、海南省中医院，4、汕头市中医医院，5、中山大学附属第六医院等，先天性短结肠属于儿科，上海交通大学医学院附属仁济医院儿科疾病医疗设施齐全，在儿科疾病治疗方面有着丰富的经验；首都医科大学附属北京朝阳医院西院儿科口碑很好，拥有完善的诊疗设施和医疗人员储备。
第一名上海交通大学医学院附属仁济医院儿科
上海仁济医院建于1844年,是上海开埠后第一所西医医院。医院目前由东西南北四个院区和上海市肿瘤研究所组成,是一个学科门类齐全,集医疗、教学、科研于一体的综合性三级甲等医院。医院设有42个临床医技科室：消化科、心内科、血液科、风湿病科、老年病科、呼吸科、肾脏科、神经内科、内分泌科、肿瘤科、康复科、急诊科、核医学科、放射诊疗科、泌尿科、普外科、骨科、心血管外科、胸外科、血管外科、神经外科、肝脏外科、整形外科、麻醉科、中医科、儿科、眼科、妇产科、生殖医学科、耳鼻咽喉-头颈外科、皮肤科、感染科、口腔科、营养科、放射科、超声医学科、病理科、检验科、药剂科、输血科、内科门诊、健康保健中心。
第二名首都医科大学附属北京朝阳医院西院儿科
首都医科大学附属北京朝阳医院创建于1958年2月24日，是北京市卫生 局直属医院，是集医疗、教学、科研、预防为一体的三级甲等医院，是首都医科大学第三临床医学院，医疗特色学科包括呼吸病学学科（国家重点学科）、心脏病学学科、泌尿病学学科、职业病与中毒医学学科、高压氧医学学科、器官移植学科、急诊医学学科、危重症医学学科、病理产科、检验医学学科，其中多个被确定为北京市重点学科、北京市医学重点学科或北京市医学重点扶植学科。
第三名海南省中医院儿科
海南省中医院始建于1954年，是一所集医疗、科研、教学、预防、保健、康复于一体的综合性三级甲等中医医院，是广州中医药大学附属医院（非直属）。医院目前编制床位900张，实际开放床位665张。现有在册人员1037人，设有临床科室24个，医技科室10个,门诊部3个。医院人才荟萃，拥有一批包括国家特贴专家、全国名中医、全国老中医药专家、省优秀专家在内的中医药专家，有高级职称124人，中级职称191人，博士硕士96名。医院还“软”引进了包括国医大师石学敏院士在内的权威中医名家33名，极大地提升了医院的综合实力。
第四名汕头市中医医院儿科
汕头市中医院始建于1958年9月，医院现开放床位456张，设有骨伤科、内科、急诊、ICU、外科、妇科等临床科室24个；设有住院病区（含ICU病房）11个，医技辅助科室11个。年门急诊量约26万人次、出院病人数约1.2万人次。门急诊量、出院病人数居粤东地区中医医疗机构首位。
第五名中山大学附属第六医院儿科
中山大学附属第六医院(又名中山大学附属胃肠肛门医院,简称中山六院)是一所以胃肠肛门为专科特色的综合医院,承担医疗、教学、科研、预防和康复等任务。各临床科室齐全,开设内、外、妇、儿、耳鼻喉、口腔、中医等12个二级学科和28个三级学科。编制床位1000张,开放床位约460张。占地面积约4.3万平方米,业务用房3.6万平方米。胃肠肛门专科技术团队能解决食管、胃、小肠、结直肠、肛门等外科领域的重大、复杂和疑难病例。胃、结直肠肿瘤、肛门直肠良性疾病的诊治处于全国领先水平。代表学科有食管胃肠外科、肝胆脾胰外科、结直肠外科、肛肠外科、消化内科、炎性肠病中心、肿瘤综合治疗科、消化内镜中心和临床营养中心等。 [收起]