上海肿瘤医院设有头颈外科、乳腺外科、胸外科、胃及软组织外科、大肠外科、泌尿外科、妇科、化疗科、放射治疗科、中西医结合科、胰腺肝胆外科、综合治疗科、麻醉科、放射诊断科、检验科、药剂科、内窥镜科、病理科、超声诊断科、核医学科、实验研究中心等临床及医技科室。有核定床位800张,实际开放床位1213张。2010年门急诊量68.1万人次、住院人数2.83万人次、手术例数1.71万人次、放疗病人5300人次。
 

　　医院拥有肿瘤学国家重点学科,设有肿瘤学博士点和博士后流动站。近年来,医院科研教学硕果累累,2004年,由邵志敏教授领衔的课题《乳腺癌的基础与临床》获国家科技进步二等奖。2010年,我院新招收硕士研究生43名,博士研究生 49名,毕业博士研究生19名,毕业硕士研究生30名,其中进住院医师规范化培训基地19人,目前在读博士生 99名,硕士生 120名,博士后出站2名。2010年我院共发表SCI收录论文140篇,IF总分：463.145,其中IF超过7分的论著6篇。出版专著3部,授权专利6项。获中华医学科技进步奖二等奖1项,教育部高等学校科学研究优秀成果奖一等奖1项,上海市科技进步一等奖1项,中国抗癌协会科技奖二等奖1项、中国抗癌协会科技奖三等奖1项,上海医学科技奖二等奖1项、上海医学科技奖三等奖1项。
 

　　拥有国家教育部重点学科2个(肿瘤学、临床病理学),国家临床重点专科1个(病理科),卫生部临床重点学科3个(乳腺癌、放射治疗、病理学),上海市临床医学中心2个(放射治疗、乳腺癌),上海市医学重点学科1个(临床病理学),复旦大学重中之重建设学科4个(乳腺癌、放射治疗、病理学、大肠癌)。医院为上海市病理、放射治疗、肿瘤化疗3个质量控制中心以及上海市抗癌协会的挂靠单位,设有国家食品药品监督管理局认定的国家药物临床试验机构,以及复旦大学肿瘤研究所、复旦大学乳腺癌研究所、复旦大学大肠癌诊治中心、复旦大学鼻咽癌诊治中心、复旦大学附属肿瘤医院肺癌防治中心、复旦大学附属肿瘤医院恶性黑色素瘤防治中心等科研机构。主办《中国癌症杂志》和《上海医学影像杂志》2本学术期刊,以及《抗癌》科普杂志。
 

　　为提升医院的医疗和学科建设水平,推广肿瘤疾病的先进诊疗理念,贯彻肿瘤疾病的诊疗指南,于2005年6月成立了包括肺癌和食管癌、乳腺癌、胃癌、大肠癌、淋巴瘤、鼻咽癌、甲状腺癌、头颈恶性肿瘤、前列腺癌、妇科肿瘤、胰腺肝胆恶性肿瘤、骨和软组织肿瘤等12个多学科综合治疗协作组,这是一个以病人为中心,以完善治疗为目的的系统化工程,各协作组分别有一位召集人,并由肿瘤外科、肿瘤内科、放疗科、肿瘤病理科、放射诊断科、核医学科、超声诊断科的教授共同参与讨论每个患者的诊治方案,力争使患者接受最正规的系统化治疗,提高肿瘤患者的疗效。
 

　　医院不断拓展对外交流领域,扩大国内医疗服务覆盖范围。在浙江温岭市第二人民医院挂牌成立复旦大学附属肿瘤医院台州分院。受闵行区政府和闵行区卫生局委托,对闵行区肿瘤医院进行全面管理,成立复旦大学附属肿瘤医院闵行分院。医院期望通过分院的建设逐步将肿瘤治疗的先进理念推向华东地区乃至全国,为更多的肿瘤患者提供高质量的医疗服务。
 

　　2003年9月,医院与美国德州安德森肿瘤中心(M.D.Anderson Cancer Center)正式签署协议缔结为“姐妹医院”,建立肿瘤病人远程会诊机制,为肿瘤病人提供接受国外著名医疗机构治疗的途径。2005年9月,与新加坡国立健保集团癌症中心签订合约,正式缔结为“姐妹医院”,合作进行肿瘤基础研究和临床经验的交流,同时建立肿瘤病人的互相转诊机制。2008年4月,与法国Gustave-Roussy肿瘤中心正式签署合作协议,缔结为“姐妹医院”,进行课题申请和人才培养等方面的合作。2010年7月,医院与日本金大学癌症研究所(Cancer Research Institute of Kanazawa University)正式签署协议缔结为“姐妹医院”,引进日本医学界最先进的癌症治疗科技,进行科研项目等方面的合作。
 

　　外事接待工作完成出色,秉着外事无小事的原则,历年来接待了来自美国、法国、加拿大、日本、韩国、挪威、等国家和地区的专家,与医院进行学术报告、课题合作、人才培养等各方面的交流与合作。2005年6月10日,比利时王后保拉在部分比利时大学校长、教授的陪同下访问肿瘤医院,同时保拉王后为“百万妇女乳腺普查工程”揭牌。2006年6月16日,摩洛哥国王夫人拉拉•萨尔玛公主访问肿瘤医院,在全院共同努力下,圆满完成接待任务。2010年5月13日,挪威奥斯陆市市长Stian Berger率代表团到我院访问,希望与我院开展癌症研究方面的合作交流。
 

　　2010年,先后主办国际学术会议6次,包括首届上海国际乳腺癌康复论坛暨第三届全球华人乳癌病友组织联盟大会、第六届中国肿瘤学术大会暨第九届海峡两岸肿瘤学术会议、长城2010年国际医学物理大会暨第15届中国医学物理学术年会第三届东部临床放射物理学学术会议、第六届上海国际放射肿瘤学术会议、第五届上海乳腺病论坛、第12届中日韩大肠癌研讨会。国际会议的圆满召开对于促进医院的国际交流合作,扩大国际影响等方面,起到了很大的促进提升作用。
 

　　贯彻响应卫生部“以病人为中心,以提高医疗服务质量为主题”的医院管理年活动要求,不断强化医院管理,从提高信息化程度、规范收费、缩短就医流程、落实便民利民措施等方面入手,进一步缩短病人就医等候时间,认真研究解决病人“看病难、看病贵”等问题,促进医院内涵建设,进一步提高医疗服务质量,提高病人满意度,并结合社会主义荣辱观教育,全面开展“治理医药购销领域商业贿赂”专项工作,推进精神文明建设,探索建立医院规范管理和绩效评价的长效机制。
 

　　肿瘤医院新建门急诊医技综合楼工程为上海市市政重点工程的配套项目,随着肿瘤医院“十一五”基建规划的进程推进,2006年9月18日新建门诊大楼正式启用,为来院就诊病人提供舒适温馨的就诊环境和更为优质的医疗服务。2009年3月23日,门急诊综合楼南楼正式启用,该大楼内包括静脉药物配置中心、实验研究中心、病理科、组织库等部门,为医院的基础研究工作提供了先进的科研建设平台。