针灸科自1954年建院时创立。五、六十年代由全国名老中医马雨荪先生主持，七、八十年代由全国名中医董正雅主任主持。目前针灸科主任金肖青，博士，主任医师，浙江省针灸学会副会长，浙江省中青年临床名中医培养对象，浙江省中医骨质疏松重点专科学科带头人;承担省部级、厅级课题5项，完成3项，相关科研成果获浙江省科学技术奖1项，浙江省中医药科技创新奖1项;承担国家级、省级继续医学教育项目各1项。
针灸科现有高级、中级、初级职称医师共5名，其中博士1人，硕士1人;采用针灸综合治疗方法，包括针刺、艾灸、火罐、耳针、头针、穴位注射、针药并用、红外照射、经皮电刺激、动态立体干涉波等治疗手段，根据患者病情将各种方法有机结合，充分发挥综合疗法的优势，治疗各种常见病、多发病及难治性病症如过敏性鼻炎、带状疱疹后遗症、三叉神经痛、痛风性关节炎等。同时承担着浙江中医药大学针推系本科生的毕业实习带教任务，以及美国纽约上州大学医学院、德国医学院学生的传统医学实习带教任务。
针灸科研究方向：中医药防治骨质疏松症，中医药治疗痛风性关节炎，针灸治疗退行性骨关节病。
针灸科治疗范围：老年病??心血管疾病，高血压病，高脂血症，老年痴呆症，痛风，骨质疏松症；神经系统疾病??中风，血管性痴呆，面瘫，面肌痉挛，肢体麻木，肢体软瘫(周围性神经炎、格林巴利综合症等)，头痛，三叉神经痛，肋间神经痛，带状疱疹后遗神经痛，失眠，眩晕；运动系统疾病??颈椎病，肩周炎，网球肘，急性腰扭伤，慢性腰肌劳损，坐骨神经痛，腰突症，椎管狭窄，骨关节炎；消化系统疾病??胃痛，腹胀，腹泻，便秘，呕吐，胆囊炎，胆结石；妇科疾病??痛经，闭经，月经不调，更年期综合症；皮肤疾病??痤疮，寻麻疹，湿疹，斑秃，带状疱疹，黄褐斑；五官科疾病??过敏性鼻炎，突发性耳聋，耳鸣，麦粒肿，视力减退，儿童近视。
针灸科特色一、冬病夏治：从1973年开始，我科开展慢性支气管炎、喘息性支气管炎、支气管哮喘的治疗。我们于疾病缓解期采用中药在穴位上外敷的方法进行防治，用药讲究、独特;经过三十余年的医疗探索和实践，我们还总结出一系列老年病防治措施，包括肩周炎、颈椎病、腰痛、关节疼痛等，取得较为满意的疗效。
针灸科特色二、冬令灸补：俗话说，冬令进补，来年打虎。我科采用药饼灸的方法，对体质弱、易感冒，腰痛、腹痛、泄泻、畏寒肢冷、性功能障碍的中老年患者进行治疗，疗效为患者所肯定。
针灸科特色三、专病专治：骨质疏松专科-浙江省60岁以上的老龄人口数量已超过13%，骨质疏松症的发生率亦将逐年上升，对老年人的生活质量构成日趋严重的威胁。针灸科为浙江省中医管理局授牌的中医骨质疏松症重点专科，在动物实验何临床研究方面作了很多工作，总结出中西医结合综合防治骨质疏松症的经验。过敏性鼻炎专科-由于环境污染等原因，过敏性鼻炎发病率不断增高，目前西医尚缺乏有效的治疗手段。针灸科通过不断研究摸索，纯粹采用中医中药方法治疗，取得非常满意的治疗效果。
针灸科特色四、疼痛专家门诊：本科开设疼痛专家门诊已有八年，对面肌痉挛、带状疱疹后遗神经痛、痛风急性发作等目前较为棘手的疾病的缓解和治疗有较好的经验。
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