术前放置鼻胃管减压，可纠正脱水与电解质失衡，适量补充血容，保暖，给予维生素K和抗生素。

在手术过程中，我们必须仔细检查是否有其他先天性畸形，如肠旋转不良和环状胰腺。远端锁定应注入生理盐水扩张，并检查所有小肠是否有多发性锁定和狭窄。根据畸形选择手术，隔膜锁应采用隔膜切除术，切除时应小心防止胆总管入口损坏。十二指肠的近端和远端相当接近，或同时有环状胰腺，可进行十二指肠十二指肠吻合术。十二指肠远端闭锁和狭窄可选择十二指肠空肠吻合术，但术后可产生盲端综合征。也可采用十二指肠切割法，用切割法整形扩张段肠管，可早期恢复十二指肠有效蠕动，提前进食日期，减少并发症。

有人主张胃造瘘可以保证胃排空，防止误吸，胃管可以通过吻合口进入空肠，尽快喂养。导管也可以放在空肠内，术后立即灌输营养液，促进康复。

治疗十二指肠闭锁相当困难，疗效仍不尽如人意，死亡率为50％预后与确诊时间、畸形程度、多发性闭锁、严重合并畸形、早产儿或低体重儿有关。