神经内科始建于1992年9月，国家教委重点学科。复旦大学癫痫诊治中心之一。拥有一支以高级和中级职称为绝大多数的高技术、好医德的专业队伍，具备良好的病房环境和一流的神经内科监护单元，同时配备有先进的、包括脑电图和肌电图在内的多种神经电生理检查、脑循环功能检测设备，对脑、脊髓、四肢的神经和肌肉方面的病变都有足够的诊治水平和经验。目前人员配备：教授1名，主任医师1名，副教授1名，副主任医师4名，主治医师8名，住院医师3名，主管技师及技师3名。
神经内科医疗工作：拥有床位40余张，收治神经科各种疾病，对急性脑血管病诊治建立绿色通道，对于癫痫病和和神经系统感染性疾病诊治有一定的优势。月床位使用率超过100%，每月收治病人超70人次。
神经内科医疗工作-ICU：2000年9月成立神经内科监护室；现共监护床位12张；每张床位均配备心电、血压和氧饱和度监护仪ICU配备呼吸机3台，胜任神经科危重病人的抢救和各种急症患者的诊治，尤其熟悉机械通气（呼吸机）在神经科的临床应用。
神经内科特色门诊：癫痫门诊：癫痫是一组疾病和综合症，因脑部神经元的反复突然异常过渡放电所致的中枢神经系统功能失调，可以表现为短暂的运动、感觉、自主神经、意识和精神状态的不同程度的障碍，或兼而有之。癫痫是神经科常见病之一，在成人中仅次于脑血管疾病。癫痫是一种慢性病程，同一患者可以一种或多种发作形式；俗称的“羊癫风”只是其中的一种形式。中国流行病学调查表明，我国癫痫的发病率城市为37/10万，农村为25/10万；患病率城市为0.457%。农村为0.366%。二十岁以下青少年的患病率是0.5%-0.6%，已成为危害儿童身心发育和认知功能的重要疾病之一。男性的患病率高于女性。1%-2%的人在一生中有过一次痫性发作。我国目前有九百万癫痫患者，且以27万/年速度在增长，却有2/3未得到正确治疗，许多病人对自身疾病缺乏正确认知。有调查显示：正在接受治疗的患者中，超过50%的成人患者和30%的儿童患者对自己的“健康状况”不满意；超过1/5的患者认为癫痫严重影响了就业和工作；近百分之十五的患者不能摆脱自卑心理；约四分之一的儿童患者觉得癫痫严重影响了自己的性格，甚至会引发叛逆和攻击性行为。过去对癫痫的治疗只注重“去症”，较多考虑控制癫痫发作，而忽略了患者在治疗过程中的生活质量和心理健康，而心理健康不仅对癫痫患者来说是十分重要的，就是对癫痫患者家人及其他人来说也是举足轻重的。所以我们建议，患者应到正规医院的神经内科或者正规癫痫治疗中心接受规范治疗；医生要针对不同患者选有针对性、副作用小的药物。临床证实，约百分之八十新确诊的儿童及成人癫痫可用药物治愈。目前北京、上海、广州等地已建立了癫痫治疗中心，并采用新的治疗理念开展临床治疗，以便让癫痫患者早日摆脱疾病的长期困扰。
帕金森病门诊：疾病特点为一个或多个肢体的震颤、肢体和/或躯干的僵硬、活动减少、运动缓慢。是老年人常见的神经系统变性性疾病之一。该门诊通过各种的脑部影象学检查和核素检查提供先进的检查手段，并且给予患者依人而定的药物治疗和生活指导。
脑血管疾病（卒中）门诊：以短暂发生或者持续存在的偏身肢体的瘫痪、麻木为疾病特点，可以永久性存在并合并出现智能、情感等方面异常。绝大多数存在发生脑血管病的危险因素。该门诊提供完整的中风各级预防方案，对中风后存在的常见问题提供相应的对症治疗。
记忆障碍（痴呆）门诊：疾病特点为各种近期和远期记忆的减退，伴有或不伴有性格改变。该门诊提供相对完整的智能评定和情感评定方案，对于早期轻度和中度智能和情感障碍提供有效的治疗。
神经肌肉疾病门诊：以阵发或持久的肢体麻木、疼痛、或者出现肌肉无力、萎缩、四肢变细，面神经瘫痪、神经痛等为主要疾病特点。该门诊提供临床、神经电生理、病理等检查帮助明确病变的性质并提供恰当的治疗。
神经内科肌电图室：2004年创立了神经内科自己的肌电图室，拥有目前上海最先进的肌电图肌，由著名的神经电生理专家黄绥仁教授指导，目前能够开展常规肌电图，神经传导速度，各种诱发电位及重复电刺激等检查。医疗工作-脑电图室：1997年接管脑电图室，进行常规EEG和脑地形图检查。1999年开始开展24小时EEG-Holter和video-EEG。
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